La temporada 2003-2004 de la National Basketball Development League fue la tercera temporada de la NBDL. La temporada terminó con Asheville Altitude derrotando a Huntsville Flight 108-106 en la final de un solo juego después de un tiempo extra. Antes del inicio de la Liga, The Greenville Groove y Mobile Revelers (estos últimos campeones el año anterior) dejaron de existir, y la NBDL vio a seis equipos en las cintas iniciales.