La Copa Desafío de Europa 2008-09 (en francés: Challenge européen 2008-09) fue la 13ª edición de la Copa Desafío de Europa, una competición de Clubes de 15 hombres organizada por la Copa Europea de Rugby como un torneo cadete de la Copa Heineken. Se disputó del 9 de octubre de 2008 al 22 de mayo de 2009 entre 20 equipos de 6 federaciones (Francia, Inglaterra, Irlanda, Italia, Rumania y España). El torneo fue ganado por Northampton, que en la final en Londres venció 15-3 a los franceses de Bourgoin-Jallieu al final de un partido sin goles, nervioso y fragmentado, salpicado de una advertencia por parte y una expulsión por el equipo de' Isère. Los ingleses también ganaron el ascenso a la Copa Heineken.
La fórmula del torneo, fijada en 2005 con el regreso a la fase de grupos, siempre que los 20 equipos se dividieran en 5 grupos de cuatro equipos cada uno. En cada uno de estos grupos, cada equipo tuvo que enfrentarse a todos los demás oponentes en la competencia de ida y vuelta. Avanzaron a los cuartos de final el primer clasificado de cada uno de los cinco grupos más el mejor subcampeón en orden de puntuación. Los ocho primeros avanzaron a los cuartos de final, y los ganadores avanzaron a las semifinales. La final se celebró en el Twickenham Stoop Stadium en Londres, Inglaterra.