La Copa del mundo de waterpolo masculino 2006 fue la 13ª edición del evento, que ha sido organizado cada cuatro años por la FINA desde 2002. Fue la última ocasión en la que las naciones participantes fueron elegidas entre los 8 primeros del Campeonato Mundial anterior. De hecho, a partir de la próxima edición se cambió el criterio.
Los equipos se enumeran de acuerdo con el orden de clasificación del Campeonato Mundial de 2005.
Los 8 equipos participantes se dividen en dos grupos de cuatro equipos cada uno. Cada equipo se enfrenta a los otros tres incluidos en su grupo solo una vez, para un total de tres juegos para cada equipo. Al final de esta fase los primeros en la clasificación de los dos grupos son admitidos directamente a las semifinales, donde esperan a los ganadores de la doble comparación entre segundo y tercer clasificado. Los cuartos son eliminados inmediatamente.
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