La Copa de Campeones 1999-2000 se celebró del 2 de octubre de 1999 al 19 de marzo de 2000: treinta y un Equipos de clubes europeos participaron en el torneo y la victoria final fue para Treviso por tercera vez.
Los equipos jugaron una fase preliminar con reuniones de ida y vuelta, seguida de una fase de grupos con fórmula de grupo al estilo italiano con competiciones de ida y vuelta; al final de la primera fase, los dos primeros clasificados de cada grupo jugaron semifinales y finales con la fórmula de la carrera única. Se otorgaron 2 puntos al equipo ganador y 1 al equipo perdedor. El orden de clasificación se definió de acuerdo con:.
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